Учреждена в Новосибирском Академгородке 19 августа 1992 года.

Имеет государственную лицензию на ведение образовательной деятельности, а также государственную аккредитацию и согласно Федеральному Закону «Об образовании» (ст. 33, пп. 16 и 17)  —  государственный статус гимназии.

Гимназия реализует программы дошкольного, начального, основного общего, среднего (полного) общего образования. В Гимназии обучается 234 учащихся с 1 по 11 класс, 40 детей воспитывается в детском саду.

Православная Гимназия функционирует в режиме школы-лаборатории, в которой современное  естественнонаучное и гуманитарное образование сочетается с духовно-нравственным воспитанием обучающихся и имеет практическую социальную направленность.

По результатам Всероссийского конкурса «Лучшие школы России» в 2005 г. вошла в десятку лучших школ России, получила главный приз — серебряный колокольчик с надписью «Лучшие школы России — 2005» и подписанный министром образования и науки Российской Федерации А.А. Фурсенко диплом конкурса «за высокие учебные достижения, создание и внедрение инновационных педагогических технологий, осуществление проектов в сфере социального партнерства».

Гимназия входит в  Ассоциацию лучших школ России, в Новосибирскую ассоциацию лицеев и гимназий, в районную Ассоциацию социально-инновационных школ «Созидание».

В 2006 году Православная Гимназия стала победителем конкурса, проводившегося в рамках приоритетного национального проекта «Образование» и стала обладателем президентского гранта и Диплома Министерства образования и науки.

Гимназии четырежды (в 2003, 2005, 2006 и 2007 гг.) присваивался статус областной экспериментальной площадки.

В 2004 году Гимназия стала победителем Всероссийского конкурса социальных проектов «Социальный форум» за проект «Возрождение российских традиций милосердия и благотворительности через профильное медико-социальное обучение старшеклассников».

За десять выпусков Гимназию окончил 141 выпускник, из которых 31 медалист (22%): 16 золотых, 15 серебряных медалей,  95%  поступили в вузы. 90% учится в вузах на бюджетных  местах.

Среди учащихся Гимназии имеются победители Всероссийских, региональных, областных, городских и районных олимпиад. В 2006/2007 учебном году трое воспитанников Гимназии стали победителями Всероссийской олимпиады школьников: Ломов Николай — Диплом I степени по биологии, Кузьмин Александр — Диплом II степени по физике, Воронцова Антонина — Диплом III степени по литературе. Гимназисты активно участвуют в научно-практических конференциях разных уровней, в том числе международных научных студенческих конференциях, их работы отмечены дипломами различного достоинства.

Среди преподавателей Гимназии — сотрудники научно-исследовательских институтов Сибирского Отделения Российской Академии Наук, преподаватели Новосибирского государственного университета, более 20 педагогов имеют научные степени докторов и кандидатов наук.

Гимназическим издательством подготовлено и выпущено более 50 изданий. Гимназия выпускает учебную и учебно-методическую, и духовно-просветительную литературу. Учебные пособия имеют грифы Министерства образования России и Департамента образования Новосибирской области. Издается гимназический журнал «Источниковедение в школе», имеющий государственную регистрацию. С 2000 года Гимназия готовит и выпускает электронные варианты учебных пособий на CD-ROM и web-версии, которые размещаются на гимназическом сайте www.orthgymn.ru.

При  Гимназии  существует Хоровая  школа — отделение Детской музыкальной школы № 10. Гимназический хор является лауреатом многих конкурсов и фестивалей. В 2000 году хор стал победителем VI Международного фестиваля детских хоровых коллективов «Звучит Москва» (диплом 1 степени и Диплом за лучшее исполнение обязательного произведения). Выпущены компакт-диски вокального ансамбля (1998) и молодежного хора Гимназии (2007).

Гимназия осуществляет реализацию социальных проектов, соответствующих приоритетным направлениям развития образовательной системы Российской Федерации: «Милосердие», «Летний лагерь „Радонеж”», «Гимназическое поле», «Гражданин Отечества», «День славянской письменности и культуры», «Православная культура России», «Нравственное здоровье детей и учащейся молодежи».

По инициативе Гимназии и при поддержке Администраций Новосибирской области и Советского района г. Новосибирска шестой год проводятся курсы «Основы медицинских знаний» для старшеклассников Советского района г. Новосибирска, которые объединяют 17 общеобразовательных школ, 4 клиники Академгородка, Новосибирский медицинский колледж. На курсах преподают более 30 высококвалифицированных врачей и медицинских сестер клиник Новосибирского Академгородка. Более 500 учащихся школ получили свидетельство медицинского колледжа об окончании этих курсов.

В рамках социального проекта «Гимназическое поле» Гимназия выращивает картофель не только для организации питания гимназистов, за 4 последних года более 250 тонн картофеля развезено по детским садам Советского района.

Гимназия активно участвует в организации и проведении научно-педагогических конференций различного уровня, в том числе традиционных Новосибирских Рождественских Образовательных Чтений, межвузовских конференций, посвященных Дням славянской письменности и культуры, Лихачевских чтений 2006 года, конференций, посвященных Году русского языка в 2007 году, и Образовательных Чтений Сибирского федерального округа «Роль учителя в духовно-нравственном развитии общества».

По инициативе Гимназии в Академгородке ежегодно проводится литературный конкурс «Души прекрасные порывы». Шесть раз конкурс проводился среди учащихся школ и гимназий Академгородка, дважды — среди педагогов. По итогам конкурса при поддержке Администрации Новосибирской области и мэрии г. Новосибирска издано три сборника работ победителей конкурса.